
Mikroarray ArrayCGH
Mikroarray analizi / Array-CGH, genomik bölgelerin kaybı ve kazanımı için bir tespit
sistemi olarak görev yapan etkili ve duyarlı bir moleküler sitogenetik
yöntemidir.
Konvansiyonel sitogenetiklerin
çözünürlük sınırı yaklaşık 5 Mb'dir, oysa Microarrays / Array-CGH, genomik dengesizlikleri <100
kb'lik bir çözünürlükle tespit edebilir.
Özel Dizi tasarımlarını kullanarak,
belirli hedef bölgeler için çözünürlük <200 bp'ye yükseltilebilir.
Türkçe mikrodizin olarakta
adlandırılmaktadır.
Bir mikrodizi, binlerce genin aynı
zamanda ifadesini tespit etmek için kullanılan bir laboratuvar
aracıdır. DNA mikrodizileri, her bir nokta bilinen bir DNA dizisi veya
geni içeren, tanımlanmış konumlarda binlerce küçük nokta ile basılan mikroskop
slaytlarıdır. Sıklıkla, bu slaytlar gen çipleri veya DNA çipleri olarak
adlandırılır. Her bir slayda bağlı DNA molekülleri, bir gen grubu
tarafından ifade edilen transkriptom veya haberci RNA (mRNA) transkriptleri
seti olarak da bilinen gen ekspresyonunu saptamak için sondalar olarak işlev
görür.
Bir mikrodizi analizi gerçekleştirmek
için mRNA molekülleri tipik olarak hem deneysel bir örnek hem de bir referans
numuneden toplanır. Örneğin, referans örnek sağlıklı bir bireyden
toplanabilir ve deney numunesi kanser gibi bir hastalıkla bir bireyden
toplanabilir. İki mRNA örneği daha sonra tamamlayıcı DNA'ya (cDNA)
dönüştürülür ve her örnek farklı bir rengin bir floresan probu ile
işaretlenir.
Örneğin, deneysel cDNA örneği,
kırmızı bir floresan boya ile etiketlenebilirken, referans cDNA, yeşil bir
flüoresan boya ile etiketlenebilir. İki örnek daha sonra karıştırılır ve
mikrodizi slayta bağlanmasına izin verilir. CDNA moleküllerinin slayt
üzerindeki DNA problarına bağlandığı süreç hibridizasyon olarak
adlandırılır. Hibritleşmeyi takiben, mikrodizi, slaytta basılan her
genin ifadesini ölçmek için taranır. Belirli bir genin ekspresyonu deney
numunesinde referans numuneden daha yüksekse, mikrodizindeki karşılık gelen
nokta kırmızı görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans
numuneden daha düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit
ifade varsa, nokta sarı görünür.
Mikro diziler yoluyla toplanan
veriler, belirli bir duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin
ekspresyonundaki eşzamanlı değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini
oluşturmak için kullanılabilir. Daha sonra mikrodizindeki ilgili nokta
kırmızı görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans
numuneden daha düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit
ifade varsa, nokta sarı görünür. Mikro diziler yoluyla toplanan veriler,
belirli bir duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin ekspresyonundaki
eşzamanlı değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini oluşturmak için
kullanılabilir. Daha sonra mikrodizindeki ilgili nokta kırmızı
görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans numuneden daha
düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit ifade varsa,
nokta sarı görünür. Mikro diziler yoluyla toplanan veriler, belirli bir
duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin ekspresyonundaki eşzamanlı
değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini oluşturmak için
kullanılabilir.
Mikroarray analizi / Array-CGH, genomik bölgelerin kaybı ve kazanımı için bir tespit
sistemi olarak görev yapan etkili ve duyarlı bir moleküler sitogenetik
yöntemidir.
Konvansiyonel sitogenetiklerin
çözünürlük sınırı yaklaşık 5 Mb'dir, oysa Microarrays / Array-CGH, genomik dengesizlikleri <100
kb'lik bir çözünürlükle tespit edebilir.
Özel Dizi tasarımlarını kullanarak,
belirli hedef bölgeler için çözünürlük <200 bp'ye yükseltilebilir.
Türkçe mikrodizin olarakta
adlandırılmaktadır.
Bir mikrodizi, binlerce genin aynı
zamanda ifadesini tespit etmek için kullanılan bir laboratuvar
aracıdır. DNA mikrodizileri, her bir nokta bilinen bir DNA dizisi veya
geni içeren, tanımlanmış konumlarda binlerce küçük nokta ile basılan mikroskop
slaytlarıdır. Sıklıkla, bu slaytlar gen çipleri veya DNA çipleri olarak
adlandırılır. Her bir slayda bağlı DNA molekülleri, bir gen grubu
tarafından ifade edilen transkriptom veya haberci RNA (mRNA) transkriptleri
seti olarak da bilinen gen ekspresyonunu saptamak için sondalar olarak işlev
görür.
Bir mikrodizi analizi gerçekleştirmek
için mRNA molekülleri tipik olarak hem deneysel bir örnek hem de bir referans
numuneden toplanır. Örneğin, referans örnek sağlıklı bir bireyden
toplanabilir ve deney numunesi kanser gibi bir hastalıkla bir bireyden
toplanabilir. İki mRNA örneği daha sonra tamamlayıcı DNA'ya (cDNA)
dönüştürülür ve her örnek farklı bir rengin bir floresan probu ile
işaretlenir.
Örneğin, deneysel cDNA örneği,
kırmızı bir floresan boya ile etiketlenebilirken, referans cDNA, yeşil bir
flüoresan boya ile etiketlenebilir. İki örnek daha sonra karıştırılır ve
mikrodizi slayta bağlanmasına izin verilir. CDNA moleküllerinin slayt
üzerindeki DNA problarına bağlandığı süreç hibridizasyon olarak
adlandırılır. Hibritleşmeyi takiben, mikrodizi, slaytta basılan her
genin ifadesini ölçmek için taranır. Belirli bir genin ekspresyonu deney
numunesinde referans numuneden daha yüksekse, mikrodizindeki karşılık gelen
nokta kırmızı görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans
numuneden daha düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit
ifade varsa, nokta sarı görünür.
Mikro diziler yoluyla toplanan
veriler, belirli bir duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin
ekspresyonundaki eşzamanlı değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini
oluşturmak için kullanılabilir. Daha sonra mikrodizindeki ilgili nokta
kırmızı görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans
numuneden daha düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit
ifade varsa, nokta sarı görünür. Mikro diziler yoluyla toplanan veriler,
belirli bir duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin ekspresyonundaki
eşzamanlı değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini oluşturmak için
kullanılabilir. Daha sonra mikrodizindeki ilgili nokta kırmızı
görünür. Buna karşılık, deney örneğindeki ifade, referans numuneden daha
düşükse, spot yeşil görünür. Son olarak, iki örnekte eşit ifade varsa,
nokta sarı görünür. Mikro diziler yoluyla toplanan veriler, belirli bir
duruma veya tedaviye yanıt olarak birçok genin ekspresyonundaki eşzamanlı
değişiklikleri gösteren gen ekspresyon profillerini oluşturmak için
kullanılabilir.